始于1926年，因其創辦人姓樂而得名，現發展為以現代科技生產古方傳統品種和綜合新劑型的中藥企業，主營安宮牛黃丸、牛黃清心丸、大活絡丸、石斛夜光丸、烏雞白鳳丸、六味地黃丸等多種產品
同仁堂藥店是北京知名的老藥店，其前身是“京都同仁堂樂家老鋪”，之所以叫“樂家老鋪”，是因它的創辦人姓樂，叫樂尊育。據現任南京同仁堂藥業有限責任公司董事長丁峰峻介紹，南京同仁堂藥業有限公司的前身是同仁堂南京分號，始建于1926年，由同仁堂樂氏家族第十三代嫡傳樂篤周受命籌辦。
南京同仁堂藥業有限責任公司位于美麗的雨花臺風景區西麓，是南京市一家以現代科技生產古方傳統品種和綜合新劑型，集科、工、貿為一體的中藥企業。
南京同仁堂藥業有限責任公司歷史悠久，其前身是北平同仁堂京都樂家老鋪南京分號，于1926年在南京開業，1955年更名為公私合營南京同仁堂國藥號股份有限公司，1957年定名為南京同仁堂制藥廠。1998年，改制組建南京同仁堂藥業有限責任公司。
2000年按國家行業管理的要求，公司投巨資進行GMP改造，引進了片劑、丸劑、膠囊劑、顆粒劑、口服液等劑型的生產線。2002年11月，九個劑型一次性通過國家GMP認證。公司持續獲得國家“高新技術企業”殊榮。2018年，公司在浦口南京生物醫藥谷建成占地154畝新廠區，生產自動化程度顯著提升、產品質量精確可控，加快了企業科技發展步伐，使中成藥的技術含量得到大幅度提升。
在繼承和發揚傳統精粹安宮牛黃丸、牛黃清心丸、大活絡丸、石斛夜光丸、烏雞白鳳丸、六味地黃丸的同時，企業相繼自行研制、開發了一批頗具特色的新產品。
2013年南京同仁堂深化改革，創新營銷模式，在短時間內完成組建了3000多人的專業銷售團隊。數據顯示，2013-2018年，南京同仁堂復合增長率達到70%以上。
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